潔凈室的清掃、滅菌是潔凈車間的重點，須做到如下要求：
    1.潔凈室的清掃一般須在生產(chǎn)工藝結束后進行;如有必要在生產(chǎn)前清掃，則工藝生產(chǎn)必須在凈化空調系統(tǒng)開機運行時間達到潔凈要求后方可開始進行。為防止交叉污染，清掃潔凈廠房設施均應按產(chǎn)品特點、工序要求、潔凈度等級不同分別專用。
    清掃工具一般采用集中固定式和便攜移動式真空清掃設備。如不具備上述條件，也可采用不掉纖維的材料如絲光毛巾、尼龍布進行擦拭，一般每天1次或數(shù)次。
    工作臺及器具清掃一般每天一次;10～1000級廠房墻壁、地面清掃，一般每周一次，1萬～10萬級每月一次。凈化空調系統(tǒng)每年宜清洗1～2次，并委托專業(yè)人員進行清掃。
    2.潔凈室滅菌 ,對生物潔凈室，除對送入潔凈室的空氣中的生物或非生物微粒數(shù)要受到控制，還要對室內(nèi)器具、地面、墻面、壁板等表面進行消毒處理?？諝鉂崈艏夹g不能殺滅細菌，生物潔凈室運行管理中必須采取消毒、滅菌措施，減少微生物在潔凈室中的生存、繁衍。
    目前，傳統(tǒng)滅菌方法為：紫外線滅菌、藥劑滅菌、加熱滅菌和臭氧滅菌法。它們安全可靠性都很好，應用*為廣泛。
    另外，整個被消毒滅菌的潔凈室應通過送回風管形成循環(huán)狀態(tài)，每天開機做空氣滅菌1—1.5小時;若需對潔凈室墻體、地面和設備等表面進行消毒滅菌則需2小時左右。